Με τον Οργανισμό Εσωτερικής Υπηρεσίας καθορίζονται η εσωτερική διάρθρωση των υπηρεσιών ενός Δήμου σε Γενικές Διευθύνσεις, Διευθύνσεις, Τμήματα, Αυτοτελή Τμήματα και Αυτοτελή Γραφεία. Επίσης καθορίζονται οι αρμοδιότητες των υπηρεσιών αυτών και οι θέσεις κατά κατηγορίες και κλάδους του προσωπικού που στελεχώνει ή δύναται να τις στελεχώσει.
Με απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου ψηφίζεται ο Οργανισμός Εσωτερικής Υπηρεσίας ενός Δήμου, η απόφαση κατόπιν εγκρίνεται με πράξη του Γενικού Γραμματέα της Αποκεντρωμένης Διοίκησης ύστερα από γνώμη του οικείου Υπηρεσιακού Συμβουλίου, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
Με την Απόφαση Γενικού Γραμματέα Αποκεντρωμένης Διοίκησης Κρήτης με αριθμό 4050/25.6.2012 (ΦΕΚ 2104/9.7.2012 τεύχος Β’) εγκρίθηκε για πρώτη φορά ο Οργανισμός Εσωτερικής Υπηρεσίας του Δήμου Αποκορώνου, ο οποίος έκτοτε έχει δεχθεί σειρά τροποποιήσεων (1η τροποποίηση Απόφαση 11295/31.8.2017, ΦΕΚ 3262 Β’, 2η τροποποίηση Απόφαση 3506/1.4.2019, ΦΕΚ 1346 Β’, 3η τροποποίηση Απόφαση 5351/15.5.2019, ΦΕΚ 1903 Β’) με την τελευταία (4η) τροποποίηση να έχει εγκριθεί και να ισχύει με την Απόφαση Γενικού Γραμματέα Αποκεντρωμένης Διοίκησης Κρήτης με αριθμό 2960/6.4.2021 (ΦΕΚ 1617 Β’).